Tools¶

Obsidian¶

在 obsidian 里面写逻辑，引用，按照约定格式导入注释的汇总 ¹

Citation¶

zotero 需要安装 Better BibTeX for Zotero 这是向外提供引用键 citekey 的基础，导出格式采用推荐的 better biblatex，导出的是 .bib 文件，确保是自动更新的，其他默认配置就行

Obsidian Zotero Integretion 它负责从 zotero 获取并且生成 citekey 在 markdown 中，但是为了在 obsidian 里面可以自动渲染，反向链接和引用列表 - - - 需要采用 pandoc 的引用格式并且配置 obsidian-pandoc-reference-list

Import Notes¶

zotero 中除了文献条目的元数据，需要汇总的是对文章的批注

对这些阅读时候产生的理解上的碎片和记录，需要汇总到 obsidian 里面，虽然 zotero 的 better notes 插件可以在 zotero 里面实现 markdown 的基本渲染，我觉得用途局限于让 zotero 里面的 markdown 不那么难看，达不到系统性管理 markdown 笔记的层次，因此我觉得直接对 annotation 进行汇总到 obsidian 里面是必要的

收集 annotation 的方式是基于提供一个模板文件给 obsidian zotero integretion 插件的，大致思路用 gemini 生成了，yaml 块简单显示，metadata 和有评论的注释，和条目里面单独的笔记追加进去并且做成 callout 块看起来更清楚，没有评论的单独做成词条

template

---
title: "{{title}}"
authors: [{%- for creator in creators -%}"{{creator.firstName}} {{creator.lastName}}"{%- if not loop.last -%}, {% endif -%}{%- endfor -%}]
date: {{ date | format("YYYY-MM-DD") }}
journal: "{{publicationTitle}}"
doi: {{DOI}}
tags:
  - {{itemType}}
{%- if allTags %}
  - {{allTags | replace(" ", "_")}}
{%- endif %}
category: literaturenote
citekey: {{citekey}}
---

> [!INFO] Metadata
> * **Title**:: [{{title}}]({{select}})
> * **Authors**:: {%- for creator in creators %} {{creator.firstName}} {{creator.lastName}}{% if not loop.last %}, {% endif %}{% endfor %}
> * **Date**:: {{ date | format("YYYY-MM-DD") }}
> * **Journal**:: {{publicationTitle}} {%- if volume %} {{volume}} {{issue}}{%- endif %}
> * **Citekey**:: [[@{{citekey}}]]
> * **Item Type**:: {{itemType}}
> * **Related**:: {% for relation in relations | selectattr("citekey") %} [[@{{relation.citekey}}]]{% if not loop.last %}, {% endif%} {% endfor %}
{%- if DOI %}
> * **DOI**:: [{{DOI}}](https://doi.org/{{DOI}})
{%- endif %}
> * **Attachments**:: {%- for attachment in attachments | filterby("path", "endswith", ".pdf") %} [{{attachment.title}}](file://{{attachment.path | replace(" ", "%20")}}) {%- endfor -%}

<br>

> [!ABSTRACT]- Abstract
> {{abstractNote}}

## 📝 研读笔记 (With Comments)

{% persist "annotations" %}

{% set newAnnotations = annotations | filterby("date", "dateafter", lastImportDate) %}

{% if newAnnotations.length > 0 %}

{%- for a in newAnnotations -%}

{%- if a.comment %}

> [!TIP] 💡 My Thought
> **原文 (p.{{a.pageLabel}})**:
>
> > {{a.annotatedText | replace("\n", "\n> > ")}}
> >
> > [Link to PDF]({{a.desktopURI}})
>
> {{a.comment | replace("\n", "\n> ")}}

{% endif -%}

{%- endfor %}

## 📌 关键摘录汇总 (Highlights Only)

{%- for a in newAnnotations -%}

{%- if not a.comment -%}

* {{a.annotatedText | replace("\n", " ")}} ([p.{{a.pageLabel}}]({{a.desktopURI}}))
{% endif -%}
{%- endfor %}
{% endif %}
{% endpersist %}

{# ----- 处理 Zotero 独立笔记 (Standalone Notes) ----- #}

{%- if notes.length > 0 %}

## 📑 Zotero Notes (General Summary)

{%- for note in notes %}

> [!NOTE] {{note.title if note.title else "Zotero Note"}}
> {{note.note | replace("\n", "\n> ")}}
{% endfor -%}
{%- endif -%}

配置对应输出目录和文件名 citekey 目录下面是汇总的 notes 和手写的 review.md 笔记采用 ctrl+shift+alt+N 绑定快捷键导入笔记

Pandoc¶

scoop install pandoc

转化 markdown（比如 review.md 文件）为初步 tex 文件，不需要 pandoc 生成引用文献列表，只需要将 markdown 里面的 pandoc style 的 citekey 转化为 latex 的 citekey 就行

pandoc 的转化 tex 命令

pandoc 和 markdown 是为了平时写作的体验感，最终生成 pdf 需要结合 latex workstation 再进行对 latex 微调生成最终的 pdf

但是现在不用恶心的 latex 编译排版啥的，直接用 obsidian 的 enhanced export 插件配合 pandoc 直接生成引用文献参考目录就行了，平时停留在 obsidian 里面就行

vscode+LaTeX Workshop¶

用 git 和 vscode 配合写作 latex 吧这个既可以版本控制也可以云端推送，而且可以本地快速编译查看效果

scoop bucket add dorado https://github.com/chawyehsu/dorado
scoop install texlive-full

不要 scoop install texlive 这个有点像边下载边安装很慢，full 下载整个 iso 然后解压安装

模板仓库采用 XuehaiPan/LaTeX-Templates

Esayscholar¶

浏览器插件商店安装，主要是从他们的数据库中显示当前网页期刊的分类等级，影响因子等等用于判断期刊质量，作为筛选文章的标准之一也可以配合 Ethereal Style for Zotero 在 zotero 内部显示期刊分类和影响因子等等，最终阅读肯定是 zotero 里面，浏览器是初步的

自定义期刊比如人工智能，计算机，机器人期刊可以手动额外添加 35 一年会员

通过 doi 拉取的期刊信息，有时候 arxiv 的 doi 是看不到正确的期刊信息的，需要手动检索正确的条目

Zotero¶

核心参考文档 Zotero 中文社区 | Zotero 中文维护小组

Install¶

windows

winget install DigitalScholar.Zotero

linux

browser plugin Zotero Connector - Chrome Web Store

Android version Zotero - Apps on Google Play

Config¶

Pdf Resolvers¶

find Config Eiditor on the buttom of edit->advanced panel

set extensions.zotero.findPDFs.resolvers as following:

[{
  "name": "Google Scholar PDF",
  "method": "GET",
  "url": "https://scholar.google.com/scholar?q={doi}",
  "mode": "html",
  "selector": ".gs_or_ggsm a",
  "attribute": "href",
  "automatic": true
}]

it will download pdf from google scholar

如果 zotero 里面拉取失败，Google scholar 有 pdf，但是需要手动验证，可能得打开网页手动验证或者关掉代理重试

真下载不了的那种，必须要充钱的，用 sci-down

但是得注册 sci-down 网盘注册账号链接完整注册教程xhs

Core Plugin¶

sync 1. 注册官方账号就可以 2. 默认 300mb 空间够用 ²，主要同步一些非附件的元数据，注释笔记等等

附件通过自定义的 webdev，镜像，配置 traefik 反向代理使用

  webdav:
    image: ugeek/webdav:amd64
    container_name: zotero-webdav
    restart: unless-stopped
    environment:
      - USERNAME=Atticux
      - PASSWORD=Zz030327#
      - TZ=Asia/Shanghai
      - UID=1000
      - GID=1000
    volumes:
      - ./zotero_data:/var/www/html/Data
    networks:
      - librechat_default
    labels:
      - "traefik.enable=true"
      - "traefik.http.routers.webdav.rule=Host(`zotero.atticux.me`)"
      - "traefik.http.routers.webdav.entrypoints=websecure"
      - "traefik.http.routers.webdav.tls=true"
      - "traefik.http.services.webdav.loadbalancer.server.port=80"
      - "traefik.http.routers.webdav.middlewares=secure-headers@file"

然后把 cloudflare 的 dns 解析加一条 zotero.atticux.me，因为和代理在一台机器所以，cdn 代理是关的

3rd Plugins¶

插件可能需要自己手动在不同平台手动安装配置

zotero-better-notes. 作为基本的笔记功能，可以显示 markdown，配合其他插件使用，主要汇总 pdf 阅读产生的 annotation 到一个 notes 里面，然后这些 notes 可以被导入到 obsidian 里面
Obsidian 端： 安装 Zotero Integration 插件。
Zotero 端： 安装 Better BibTex（这个是核心，为了生成稳定的引用键，比如 Smith2023）。
zotero-pdf-translate. 翻译问题，还是不建议全文翻译，这个太偷懒了。。，采用内置的局部翻译，摘要和总结直接翻译看就行了，选中翻译，配置 Google studio 的免费 api 额度，用 gemini 3 flash 翻译
Ethereal Style for Zotero 可以显示更多的阅读状态和期刊信息等等，影响因子和分区等等需要 esayscholar 浏览器插件 api

sci-hub 只能抓取 21 年之前的 pdf，没什么用了

Tara 蒲公英插件解决了，很多插件，配置没有同步的问题，把这些配置信息打包成一个附件 Tara_backup 然后随着内置的 sync 功能上传，然后新的设备恢复这些插件和配置
Zotero Attanger 网上直接拉的 pdf 命名需要进行规范化一下，或者更规范的管理附件等等需求，由它自动实现
Installation :: Better BibTeX for Zotero BBT 就是让 Zotero 变成一个完美的、自动化维护的 BibTeX/BibLaTeX 文献数据库，专为需要频繁在 LaTeX/Markdown 中引用文献的学术写作用户设计。
zotero-reference 自动从 pdf 结尾引用抓取信息，可以得到引用的简单的预览，快捷导入 zotero，而不是手动复制到浏览器再搜索，
- 并且 ctrl+ 鼠标左键快捷翻译摘要，配合 pdf-translate 插件
- 启动需要刷新
- api 要切换到因为
zotero-format-metadata 格式化 metadata
zoplicate 处理重复的附件
zotero-actions-tags 自动贴上没读的标签，自定义快捷键和脚本行为，添加 tags 脚本 ³
GPT Meet Zotero. 接上 gemini 3 总结全文，快速判断文章是否值得阅读，并且阅读过程中选中局部文本快速提问和记录到注释
前端 pdf2zh ，配置 deepseek 全文翻译，生成 pdf 并且解析论文，方便快速阅读，后端按照官网教程显示，跑一下 flask 接住前端，然后 pdf2zh_next 解析生成 pdf
ZotMoov 把 pdf 集中移动到指定文件夹，方便单独需要 pdf 的情况，比如配合 notebooklm 到 Google drive 使用，同步我们采用了 webdev 确保行为是 copy

Notebooklm¶

谷歌官方 rag 不知道效果如何，得配合 Google drive 方便共享需要看的 pdf，方便看多篇之间的联系和直接对文档提问